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宝德助力华大基因“炎黄计划”项目
发布时间:2007-10-16 8:53:51 阅读: 次
最终用户简介:
深圳华大基因研究院是在深圳市政府、盐田区政府及企业的共同支持下,由中国科学院北京基因组研究所及北京、杭州华大基因研究中心为主体共同组成,于2007年4月完成注册。 其法律性质为,民营非企业的研究实体;其使命是,探索基因组科学的新型发展道路,继续引跑亚洲基因组科学发展;其战略定位是,应对新技术突破,整合现有的人才和技术优势,建设较高投入产出的基因组大科学工程技术体系,构建有全球竞争力的测序和信息学分析中心;成为中国基因组科学发展的原始数据产出中心;成为中国个体化医学新产业体系中的发动机和R&D中心。
其发展战略是,从事有重要科学影响和产业意义的公益研究,长期保持在本领域国际前沿地位,引领相关产业的发展。实现以任务带学科产业发展的双重突破。其运行模式为,以大科学工程技术平台为支撑,以重大科学命题为中心,强调不断技术集成和组合创新,高效的工程技术管理。
最终用户面临的问题:
尽管近年来基因组研究进展神速,但国际人类基因组计划测定的只是一个白种人的基因组。而中国人具有自己特殊的遗传背景,形成了许多种群特异性的高发复杂性疾病。了解中国人群的基因组序列信息是一切研究中国人基因与疾病、健康相关性的基础。人类基因组共有1千5百万个多态性位点的突变频率大于1%,其中大约一半大于10%。一直以来,人们对复杂性疾病的基因频率分布很有争议。基因突变频率分布随疾病的不同而不同。最近的实验证据表明,对复杂性状的影响,高频率和低频率的突变各占一半;大约一种疾病总计为几百个突变位点。最终在理想状况下的基因与疾病相关性研究是对上万人的疾病与对照样本进行全基因组序列测定,然后用统计方法分析其相关性。这样就考虑了所有频率水平上的突变位点,将得到最为准确的基因预测与诊断结果。但这一做法无疑需要花费大量财力,这在现有的测序技术与价格水平上还不可行。
最终用户决定启动电子商务(或网络系统)的原因及所要达到的目的(目标)
“基因科学的研究不能等待”。幸运的是,由于人类在短时间内(30万年内)的人口数量的急剧扩张(10万人到60亿人),每个人的基因水平上的突变通常聚组存在,形成了很多单体型。我们可以通过一个突变位点的测定来猜测另一个(或多个)位点的序列。因此,不需要测定所有基因组序列,我们可以选择一些位点进行基因分型并推测其与疾病的相关性。基于此,科学家启动了国际单体型计划,试图找到能代表所有突变位点的分子标记集,即遗传多态性图谱。中国承担了这一计划的百分之十。计划虽然包括了中国人的一部分突变位点信息,但其检测的突变频率只在5%左右;且只是抽样检查(每5Kb一个突变位点)。单体型计划产生的图谱包括了30万个分子标记,最终只能对基因组中大约50%的突变进行有效猜测。为了能更好的了解中国(东亚)人的基因与复杂性疾病的关系,我们急切的需要一张真正的中国(东亚)人特有的医学遗传图谱,其大约100万个分子标记能够覆盖100%的大于1%的突变。利用这张图谱,我们才能全面筛选中国(东亚)人种特异性的疾病基因,为后期基因预测、预防医学研究作好铺垫。预计在5到10年内,技术会有进一步突破(一千美圆/人基因组);到那时我们的这张图谱会更加精确,商业前景也更加广泛。
方案可行性:
要提高服务器的性能以适应高速网络的效率,需要对协议的处理方法、操作系统的调度和IO的处理作更深入的研究,而重新设计单台服务器上的网络服务程序也是十分重要的。因此,对采用硬件和软件方法实现高可伸缩、高可用网络服务的需求不断增长,这种需求可以归结以下几点:
可伸缩性(Scalability),当服务的负载增长时,系统可被扩展来满足需求,且不降低服务质量。
高可用性(Availability),尽管部分硬件和软件会发生故障,整个系统的服务必须是每天24小时每星期7天可用的。
可管理性(Manageability),整个系统可能在物理上很大,但应该容易管理。
价格合理(Cost-effectiveness),整个系统实现是经济的、易支付的。
解决方案的描述:
基于英特尔架构的服务器平台给用户提供稳定、可靠、可扩展、可用性及性能卓著的科学研究平台。
项目背景:
深圳华大基因研究院是在深圳市政府、盐田区政府及相关企业的共同支持下,由华大基因等单位共同发起组建的民营公益性科研机构。自1999年为承担被称为生命“登月计划”的人类基因组计划的1%任务而诞生的华大基因,承担并完成了人类基因组计划“中国卷”中的大部分研究工作,使中国成为继美、英、德、日、法之后第六个参与该计划的国家。据悉,华大已与大百汇决定合作成立华大百汇基因科技发展有限公司,作为科研成果产业化平台。此外,华大基因项目已选址盐田沙头角,建设盐田区生物科技加速器暨华大研究基地。目前该研究院的核心研发项目“炎黄计划”——黄种人基因组图谱的绘制已完成10倍深度的中国人基因组测序,总覆盖率达到99%,预计9月底完成所有测序工作,共覆盖基因组25倍,将成为高质量的中国人标准基因组序列图。该研究成果将在今年内公布,成为今年亚洲具有代表性的科学成果,其对国际社会和科学界的影响都不可低估。
业务方面:
宝德服务器则以其优异功能极好地契合了深圳华大基因的需求。宝德全系列服务器均采用英特尔新双路四核/双核服务器技术,率先引入希捷先进的磁盘管理技术,性能节节攀升,而功耗急骤降低,能够大大提升深圳华大基因研究院在“炎黄计划”项目的研发能力。
宝德再次与华大基因签订了76万的合作项目,此次合作意义重大,标志着宝德服务器在高科技科研行业的又一次进步,为以后宝德进军同类或相关行业打下了坚实的基础。
推荐系统配置:(约600字)
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以及该系统所选用的 系统配置: 硬件平台 |
硬件环境: | |
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服务器机型 |
PR1760T (10台) 、 PR1510D(16台)、 PR4016S(6台) | |
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处理器 |
Woodcrest 2.0G 1066M 4M L2双核处理器 Clovertown 2.0G 1066M 8M L2双核处理器 | |
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内存 |
1G FB 667*8内 | |
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硬盘 |
共160多个500GB SATA硬盘 | |
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网卡 |
2×1000M网卡 | |
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其他: 800W 1+1冗余电源、软驱、键盘鼠标、USB光驱 | ||
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软件平台 |
软件环境: | |
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操作系统:Linux | ||
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数据库: | ||
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应用软件系统: | ||
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其他: | ||
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此案例中的最终用户,涉及到的相关厂商和解决方案供应商 |
英特尔 | |