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用户指南

解决方案

中国疾病预防控制中心传染病预防控制所生物信息平台大型计算机集群系统设备购置项目



最终用户简介:


传染病预防控制所(以下简称传染病所)是中国疾病预防控制中心领导下的国家级传染病预防控制专业机构,是全国传染病预防控制业务技术指导中心。
行业:疾控中心(CDC)·疾病控制中心


 
最终用户面临的问题:

 

长期以来,传染病所缺少一套可用于高性能计算的集群系统,使其在基因分析等业务运行方面受到较大限制;与同行业的院所相比有一定差距。因此,传染病所决定构建一套生物信息计算集群,为其下属各实验室提供一个统一计算平台,提高计算机应用和管理水平。


  
最终用户决定启动电子商务(或网络系统)的原因及所要达到的目的(目标)  


集群主要用于大规模运算,包括序列的多重比对、系统发育学研究、细菌全基因组序列分析、生物信息学综合分析等
  
为积极地帮助最终客户解决面临的难题,英特尔以及解决方案供应商参与其中的热情及努力。 宝德科技在HPC领域一直与Intel在技术的后端有深层次的合作,2004年3月建设了基于Intel IA架构为计算节点的宝德HPC实验室,为学校及学术单位的科研工作提供先进、稳定、有效、可靠、经济的计算工具平台,测试和演示的环境。 

 

电子商务解决方案:(约1500字)
解决方案的描述:


基于Intel IA架构,配合新一代四核处理器,前端总线(FSB)最高可达1333MHz,采用S5000P芯片组,双独立总线,数据带宽最高可达21GB/s。同时,融合Hyper Threading技术,最大限度利用处理器处理进程。
 采用Fully Buffer DIMM Memory技术,内存传输带宽峰值可达21.0GB/s,极大限度提高内存子系统性能。整合Intel第三代输入输出技术(3GIO)PCI Express, 设备独享总线,突破I/O带宽限制。

 


项目背景

 

 传染病所计划构建一套计算集群平台,用于基因分析等业务。
宝德科技与华大基因、照生软件基于以往合作的经验,与客户进行了多次交流。
根据客户要求,宝德科技提出了初步草案,面向客户详细介绍了方案中的种种优点,突出了宝德产品的优势,获得了客户的赞同。
在这个过程中,华大基因项目的成功有很大帮助。有华大基因项目的经验,流行病所对宝德科技的能力表示认可。


  


业务方面:收入的增长、销售、生产率提高、成本的减少,产品质量、运行性能、客户满意度、员工满意度等;
 PR1760T是一款高计算密度的机架式服务器,主要特点如下:
节省空间
倍增集成能力、将原先两台1U机架式产品,集成到1U空间内;
极强性价比、领先的性能/U水平
高集成度设计,性能价格比相比普通机架式服务器提升一倍,同时在有限的1U空间内提供业界最强大的性能表现;
独立控制,高稳定、高可用:
宝德“双子星”1U服务器,相当于两台服务器集成,可以独立控制和管理、运行。整机提供4个集成网卡。并提供网卡冗余、散热风扇冗余能力,保证系统真正高可用。提升电源使用效率达到90%以上,满足系统高可用。
 


技术方面:


基于标准英特尔架构(IA)的宝德服务器具有以下几个鲜明的特点:
◎可伸缩性(Scalability),当服务的负载增长时,系统可被扩展来满足需求,且不降低服务质量。
◎高可用性(Availability),尽管部分硬件和软件会发生故障,整个系统的服务必须是每天24小时每星期7天可用的。
◎可管理性(Manageability),整个系统可能在物理上很大,但应该容易管理。
◎价格合理(Cost-effectiveness),整个系统实现是经济的、易支付的。


 
商业价值:

 

本次采用INTEL架构服务器搭建的管理信息系统,充分体现了领先一代的Intel  IA平台从研发到制造工艺,Intel积累了近二十年的技术结晶,厚积薄发,为高性能计算研究领域提供最好的计算平台。
――席明贤   宝德科技集团股份有限公司  方案部经理 

 

推荐系统配置:
以及该系统所选用的
系统配置:
硬件平台

 

 硬件环境:  
 服务器机型 PR2700D, PR1760T,PR3015S
  
 处理器 PR2700D,CPU:2*5355(clovertown 2.66G 1333MHZ)
PR1760T,CPU:4*5355(clovertown 2.66G 1333MHZ)
PR3015S,CPU:2*5355(clovertown 2.66G 1333MHZ) 
 内存 PR2700D,8*2G FB DDRII 667 ECC
PR1760T,16*2G FB DDRII 667 ECC
PR3015S,8G FB DDRII 667 ECC 
 硬盘 PR2700D,3* 500G SATA
PR1760T,4* 160G SATA
PR3015S,15* 750GB SATA 
 网卡 2×1000M网卡 
 其他:H3C S5100-48P-EI交换机,附送 1台磁带机 1个管理节点 2个计算节点  
软件平台 软件环境: 
 操作系统:Linux 
 数据库:MySQL Enterprise Basic 
 应用软件系统:BLAST2.2.17、BLAT4.56、FASTA3.4、ClustalW1.84、MUMmer3.18、InterproScan4.0、HMMER2.3.2、tRNAScan-SE2、miRanda1.9、GenScan1、TwinScan3、Wu-BLAST2、EMBOSS3.01、NT151、NR151、BGF、RefSeq mRNA2、Swissprot+Trembl49.1/32.1、GO2006-02-01、Bioperl1.4、Biojava1.4、FGF、Ka/Ks、 
 其他:华大基因生物信息软件 
此案例中的最终用户,涉及到的相关厂商和解决方案供应商
 英特尔